Công văn 16873/CTBDU - TTHT hướng dẫn xử lý hóa đơn bất hợp pháp như sau:
Trường hợp Công ty ký hợp đồng kinh tế với bên đối tác để thực hiện các giao dịch kinh tế mà qua xác minh với cơ quan có thẩm quyền, bên đối tác đã bỏ trốn, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký thì hóa đơn, chứng từ mà bên đối tác đã xuất cho Công ty xử lý như sau:
Trường hợp hóa đơn, chứng từ bên đối tác phát sinh trước bỏ trốn (Nếu chứng minh được các giao dịch phát sinh là có thật, cung cấp được các hồ sơ theo quy định) thì được khấu trừ thuế GTGT và tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN
Trường hợp Công ty không chứng minh được các giao dịch phát sinh với bên đối tác là thật, thì không được khấu trừ thuế GTGT và không được tính vào chi phí được trừ , đồng thời bị xử phạt hành chính về sử dụng hóa đơn bất hợp pháp từ 20.000.0000 đến 50.000.000 theo quy định
Trường hợp hóa đơn, chứng từ bên đối tác phát sinh sau bỏ trốn thì không được khấu trừ thuế GTGT và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN. Trường hợp hóa đơn mua vào, hàng hóa dịch vụ chưa kê khai thì không được kê khai. Nếu đã kê khai thì phải kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT được khâu trừ và điều chỉnh tờ khai quyết toán thuế TNDN
